Das Heiligtum des Apollo Maloeis befindet sich im heutigen Gebiet von Epano Skala bei Mytilene, an der Kreuzung der Straßen Loggou und Lorentzou Mavili, südlich des nördlichen (ehemaligen Handels-)Hafens der Stadt und des antiken Marktes.
Die Stätte wurde zum ersten Mal 1986 von der damaligen Ephorie für Altertümer identifiziert, während Ausgrabungen in den Jahren 1987, 1993 und 2010-2015 im Rahmen des Projekts zur Vereinheitlichung der archäologischen Stätten von Mytilene (ESPA-Förderprogramm 2007-2013) durchgeführt wurden.
Die Ausgrabung brachte architektonische Überreste und eine Fülle von beweglichen Funden ans Licht, die aus dem 10. Jh. v. Chr. bis in die späte römische Zeit datiert werden, was auf die lange Besiedlungszeit der Stätte und ihre Bedeutung hinweist.
Es wurden Teile des Fundaments von geschwungenen Gebäuden aus der geometrischen Periode und ein Teil des Fundaments eines Kultgebäudes aus der hellenistischen Periode freigelegt, das aus örtlichem roten Vulkangestein im isodomen Bausystem besteht.
Aus der Fülle beweglicher Funde (Keramik, Figuren, Münzen), die in der Lagerstätte (gr.: Apothetis) des Heiligtums, in einem nahe gelegenen Schacht und in Gruben im angrenzenden natürlichen Felsen gefunden wurden, sind besonders eine protogeometrische Amphore (10.-9. Jh. v. Chr.) und die charakteristischen grau gefärbten äolischen Vasen aus der archaischen Zeit hervorzuheben.
Im 2. Jh. n. Chr. scheint ein Versuch zur Säuberung der Stätte unternommen worden zu sein.
Das Heiligtum des Apollo Maloeis ist eines der wichtigsten Heiligtümer des antiken Mytilene, das mindestens 12 Jahrhunderte lang genutzt wurde. Es befand sich im Herzen des hellenistischen Mytilene, in einer überwiegend kommerziellen Zone, da es anscheinend die südliche Grenze des antiken Marktes einnahm.
Heutzutage können die Besucher einen Teil der architektonischen Überreste der hellenistischen Phase des Heiligtums, und insbesondere den monumentalen Tempel besichtigen, der zu Ehren des dort verehrten Gottes errichtet wurde.