H ελληνιστική στοά στην Επάνω Σκάλα Μυτιλήνης βρίσκεται στον αρχαιολογικό χώρο του οικοπέδου του Δήμου Μυτιλήνης, που ορίζεται από τις οδούς Ναυμαχίας Έλλης, Λεσβώνακτος, Κορνάρου και Αγιορείτου Πανσελήνου. Η συγκεκριμένη θέση, νοτίως του βόρειου εμπορικού λιμένα της πόλης, ταυτίζεται με την ευρύτερη περιοχή της αρχαίας αγοράς, από την οποία σήμερα μας είναι γνωστά τα κατάλοιπα τεσσάρων τουλάχιστον ακόμη στοών, που ωστόσο δε διατηρούνται.
Η αρχαία αγορά της Μυτιλήνης είχε άμεση συνάφεια με το εμπορικό της λιμάνι, τον επονομαζόμενο «Μαλόεντα λιμένα» (3ος αι. π.Χ.), καθώς βρισκόταν ακριβώς απέναντι από την είσοδό του, δίπλα στο επιθαλάσσιο αμυντικό τείχος της πόλης. Από τις γραπτές πηγές μαθαίνουμε ότι την παράκτια ζώνη της Μυτιλήνης κοσμούσαν επιβλητικές στοές, οι οποίες εξυπηρετούσαν παράλληλα και τις αυξημένες εμπορικές δραστηριότητες του βόρειου λιμένα της (αγοραπωλησίες αγαθών, κεραμικών, προμήθεια πρώτων υλών κ.ά.). Μια οικοδομική επιγραφή των ελληνιστικών χρόνων μας πληροφορεί για μια στοά που θα χτιζόταν εκείνη την περίοδο (3ος αι. π.Χ.) πολύ κοντά στο βόρειο παράκτιο τείχος της πόλης, στον ίδιο χώρο όπου βρισκόταν μία δεύτερη με εμπορική χρήση (IG XII, 2, 14: τόπον δ’ αἴτηται ὄπποι ἀναθήσει τὰν στωίαν τὸ[ν πρ]ὸς τῶ τε[ίχ]ει ὄππ[οι] νῦν ἀλε[υρό]πωλις στωία [ἐσ]τὶ[ν — —). Παρόλο που μας είναι δύσκολο να ταυτίσουμε την ελληνιστική στοά στην Επάνω Σκάλα Μυτιλήνης με κάποια από τις στοές της επιγραφής, ωστόσο, γνωρίζουμε ότι αποτελούσε συστατικό στοιχείο της αρχαίας αγοράς της πόλης και ότι πιθανότατα είχε και αυτή εμπορικό χαρακτήρα.
Η στοά εντοπίστηκε για πρώτη φορά το 1929, κατά τη διάρκεια των εργασιών για την κατασκευή της «προσφυγικής αγοράς», οπότε και αποκαλύφθηκε αρχικά ένα μικρό της μέρος. Οι εργασίες συνεχίστηκαν εκτενέστερα από την Κ’ ΕΠΚΑ στις αρχές του επόμενου αιώνα και πιο συγκεκριμένα, κατά τα έτη 1998-1999, στο πλαίσιο του έργου: «Κατασκευή δικτύου ομβρίων, ακαθάρτων και ύδρευσης κεντρικού και βόρειου τμήματος πόλεως Μυτιλήνης». Το μεγαλύτερο, ωστόσο, μέρος της ήρθε στο φως κατά τη διάρκεια των σωστικών ανασκαφών που έλαβαν χώρα μεταξύ 2000-2001, με αφορμή την ανέγερση του νέου Δημαρχείου της Μυτιλήνης. Εκτός από τη στοά, αποκαλύφθηκε και μεγάλο τμήμα του παράκτιου αμυντικού τείχους της πόλης, μέρος του οποίου χρησιμοποιήθηκε για τον τοίχο της βόρειας μακράς πλευράς της, ο οποίος φαίνεται ότι είτε εφαπτόταν είτε εδραζόταν πάνω σε αυτόν. Μεταξύ των ετών 2008-2012, ολοκληρώθηκε από την Κ΄ ΕΠΚΑ, σε συνεργασία με τη ΔΑΑΜ και τον Δήμο Μυτιλήνης, η διαμόρφωση του συγκεκριμένου οικοπέδου του Δήμου Μυτιλήνης σε επισκέψιμο αρχαιολογικό χώρο.
Από τα διατηρούμενα οικοδομικά κατάλοιπα και τα πορίσματα της ανασκαφικής έρευνας όλων των ετών συγκεντρωτικά, μπορούμε να αποκαταστήσουμε ως έναν βαθμό την αρχική μορφή της στοάς. Φαίνεται ότι πρόκειται για μια διώροφη (πιθανόν κλειστού τύπου) στοά δωρικού ρυθμού, με προσανατολισμό Α-Δ και μέγιστες σωζόμενες διαστάσεις 87 x 16 μ. Ωστόσο, το αρχικό συνολικό της μήκος πιθανόν ξεπερνούσε τα 150 μ. Η στήριξη της στέγης επιτυγχανόταν με δίτονη κιονοστοιχία που διέτρεχε το εσωτερικό στο μέσο της, κατά τον διαμήκη άξονά της. Η κιονοστοιχία εδραζόταν πάνω σε χαμηλούς πεσσούς (διαστάσεων: 1,40 x 1,46 μ. και απόστασης μεταξύ τους: 2,50 μ.), που διατηρούνται σε μέγιστο ύψος έξι δόμων και ήταν κατασκευασμένοι από μαλακό καστανοκίτρινο πωρόλιθο. Οι μεγάλης κλίμακας πεσσοί είχαν τη μορφή βάθρων κιόνων και στήριζαν 20 οκταγωνικές βάσεις, κατασκευασμένες από ροδόχρου επιχώριο ηφαιστειογενή λίθο. Από το ίδιο υλικό ήταν κατασκευασμένοι σύμφωνα με το ισόδομο σύστημα δόμησης και οι τοίχοι της στοάς που διατηρούνται σε ύψος τεσσάρων έως επτά δόμων. Σε αρκετούς από τους λιθοπλίνθους των τοίχων διατηρούνται γράμματα/σύμβολα αρχιτεκτονικής/οικοδομικής φύσεως. Η πρόσοψη της στοάς από την πλευρά της θάλασσας ήταν μαρμάρινη με εντυπωσιακά αρχιτεκτονικά στοιχεία: διατηρούνται αποσπασματικά δωρικοί ημικίονες, τρίγλυφα και γείσα από την ανωδομή της, που πιθανόν προέρχονται κυρίως από τον δεύτερο όροφο.
Βάσει των αρχιτεκτονικών της στοιχείων, η αρχική ανέγερση της στοάς χρονολογείται μεταξύ του ύστερου 4ου αι. π.Χ. και του πρώιμου 3ου αι. π.Χ. Από τα κινητά ευρήματα που βρέθηκαν στον χώρο ξεχωρίζουν η μελαμβαφής ελληνιστική κεραμική (λύχνοι, σκύφοι, κυάθια, κύλικες, κάνθαροι, πυξίδες, αμφορίσκοι), καθώς και τα πολυπληθή, ενίοτε ενσφράγιστα, υφαντικά βάρη και ειδώλια. Η χρονολόγηση των κινητών ευρημάτων κυμαίνεται από τον ύστερο 4ο αι. π.Χ. έως και τα ρωμαϊκά χρόνια, περίοδο μέχρι την οποία εκτείνεται χρονολογικά και η διάρκεια χρήσης του μνημείου. Στην υστερορωμαϊκή εποχή, στο μέσο της στοάς χτίζεται ένα λουτρό τετράγωνης κάτοψης με έξι δωμάτια και αγωγούς, διαστάσεων: 12 x 11,5 μ., ενδεικτικό των νέων αναγκών της περιόδου στον πολυσύχναστο αυτόν χώρο της αγοράς και του εμπορικού λιμένα. Κατά τον 18ο και 19ο αι., η ευρύτερη παραλιακή ζώνη της Επάνω Σκάλας χρησιμοποιείται ως το κύριο νεκροταφείο της οθωμανικής κοινότητας της πόλης. Ο αρχαιολογικός χώρος της ελληνιστικής στοάς στην Επάνω Σκάλα Μυτιλήνης είναι σήμερα επισκέψιμος.