Από το 1462 έως και το 1912 η Λέσβος βρισκόταν υπό την κατοχή των Οθωμανών. Ο μουσουλμανικός πληθυσμός, εγκατεστημένος αρχικά στον οικιστικό τομέα του Κάστρου της Μυτιλήνης, παρουσίασε κατά τον 16ο αι. σταδιακή αύξηση και σύντομα επεκτάθηκε στα βόρεια της πόλης, στην ευρύτερη περιοχή της Επάνω Σκάλας, όπου και ιδρύθηκε η περίφημη μουσουλμανική συνοικία. Ο χριστιανικός πληθυσμός παραγκωνίστηκε στο νότιο τμήμα της Μυτιλήνης, ενώ ο τότε μητροπολιτικός ναός των Αγίων Θεοδώρων αποτέλεσε το διαχωριστικό όριο ανάμεσα στις δύο συνοικίες. Η μουσουλμανική θρησκεία έβρισκε την έκφρασή της στους κατεξοχήν χώρους λατρείας της οθωμανικής κοινότητας, τα τζαμιά.
Ένα από αυτά, για την ακρίβεια το μεγαλύτερο, σημαντικότερο και υστερότερο χρονολογικά, υπήρξε το Γενί Τζαμί, το οποίο ανοικοδομήθηκε από τον ναζίρη[1] της Μυτιλήνης Μουσταφά Αγά Κουλαξίζη, στην περιοχή της Επάνω Σκάλας (στο μέσο περίπου της σημερινής οδού Ερμού), στο κέντρο της άλλοτε οθωμανικής αγοράς. Όπως μας πληροφορεί η σωζόμενη επιγραφή πάνω από την κύρια είσοδό του, ανεγέρθηκε μεταξύ των ετών 1825 και 1826. Αποτέλεσε μέρος ενός ευρύτερου συγκροτήματος, που περιελάμβανε ανάμεσα σε άλλα οικοδομήματα, το οθωμανικό λουτρό της αγοράς, το λεγόμενο Τσαρσί Χαμάμ (Çarşi Hamam), το ιεροδικαστήριο (μεχκεμές), το ιεροδιδασκαλείο (μενδρεσές) του Χατζή Μεχμέτ Αγά, την οικία του μουφτή[2], με συγκρότημα δημοσίων κρηνών στο ισόγειο κ.ά. Διέθετε μεγάλο λιθόστρωτο αύλειο χώρο στα βόρεια, με δύο ξεχωριστές πύλες –μια για τους άνδρες στα δυτικά και μια για τις γυναίκες στα ανατολικά– καθώς και δεύτερο αύλειο χώρο (με περαιτέρω βοηθητικά κτίσματα) στα νότια, που προοριζόταν για την προετοιμασία των νεκρών πριν από την ταφή.
Πρόκειται για ένα άλλοτε τρουλαίο σταυροειδές οικοδόμημα, διαστάσεων περίπου 17 x 18 μ., εγγεγραμμένο σε ορθογώνιο παραλληλόγραμμο, που συνδυάζει στοιχεία της βυζαντινής και οθωμανικής αρχιτεκτονικής. Στο μεγαλύτερο μέρος του το κτίσμα είναι λιθόδμητο, ενισχυμένο κατά τόπους με ξυλοδεσιές, ενώ η στέγασή του επιτυγχανόταν από οπτόπλινθους και ξύλινα στοιχεία, μειώνοντας έτσι αισθητά το βάρος του. Διπλή μαρμάρινη κλίμακα οδηγεί στον εξωνάρθηκα του υπερυψωμένου τεμένους, ο οποίος διατάσσεται, εν είδει εξακιόνιου τοξωτού προστώου, σε όλο το μήκος των 17 μέτρων της βόρειας πλευράς. Πιο συγκεκριμένα, στεγάζεται με τοξοστοιχία, αποτελούμενη από οκτώ μονολιθικούς κίονες με τεκτονικά κιονόκρανα και εννέα πλινθόκτιστα τόξα, πέντε στην πρόσοψη και από δυο στις στενές πλευρές του, που ανακρατούν εκατέρωθεν της κεντρικής καμαροσκεπούς εισόδου, τέσσερεις ημισφαιρικούς θολίσκους. Μαρμάρινο χαμηλό στηθαίο/παραπέτο, εν είδει θωρακείου, κοσμεί τα διάστυλα, ανάμεσα στις ψηλές, ραδινές βάσεις των κιόνων. Τον τοίχο της βόρειας πρόσοψης του τζαμιού, πάνω την κύρια είσοδο του εξωνάρθηκα, κοσμεί πώρινη γλυπτή μικρογραφική αναπαράσταση του τεμένους. Η ιδιαίτερα περίτεχνη ξυλόγλυπτη θύρα αποτελούνταν από δύο επιζωγραφισμένα φύλλα, εκ των οποίων σώζεται μόνο το ένα. Έπειτα από την είσοδο διαμορφώνεται ο εσωνάρθηκας, από τον οποίο επιτυγχανόταν, με δύο συμμετρικές λίθινες κλίμακες, η πρόσβαση στο υπερώο/γυναικωνίτη. Η πρόσβαση στο υπερώο ήταν εφικτή και από την εξωτερική μνημειακή λίθινη κλίμακα που βρισκόταν στη βορειοανατολική γωνία του οικοδομήματος. Το δάπεδο του τεμένους ήταν επενδεδυμένο με πώρινες πλάκες και ξύλινη επίστρωση/σανίδωμα, ενώ στο μέσο της νοτιοανατολικής πλευράς δέσποζε το εντυπωσιακό μιχράμπ[3], που άλλοτε διέθετε περίτεχνα γύψινα ανάγλυφα και πλούσιο τοιχογραφικό διάκοσμο με γεωμετρικά και φυτικά μοτίβα. Η στέγαση του τεμένους επιτυγχανόταν με ξύλινο ημισφαιρικό τρούλο (επενδεδυμένο με κονίαμα και γύψο), ο οποίος ανακρατούνταν από τέσσερεις λίθινους φαιούς ραδινούς κίονες (με επίστεψη ψευδοκορινθιακών κιονοκράνων), με τη βοήθεια τεσσάρων μεγάλων ημικυκλικών τόξων, και περαιτέρω πλέγματος μικρότερων ανακουφιστικών τόξων και μετάλλινων ελκυστήρων. Τα παράθυρα του τεμένους είναι τοξωτά στο σύνολό τους –με εξαίρεση τα τετράγωνα παράθυρα του υπερώου και τους ωοειδείς φεγγίτες– και προστατεύονταν με σιδερένια κιγκλιδώματα. Τα πλαίσιά τους διέθεταν επένδυση από λευκό ή φαιό μάρμαρο. Ο μιναρές του τεμένους, αρχικού ύψους 30 μ., βρισκόταν στη βορειοδυτική γωνία και η είσοδός του στο δυτικό τμήμα του γυναικωνίτη. Σήμερα διατηρείται μόνο η ψηλή τετράγωνη βάση του. Η ανώτερη απόληξή του διέθετε κυλινδρικό σχήμα και η στέγη του ημισφαιρικό τρουλίσκο.
Σήμερα, τα διατηρούμενα τμήματα του οικοδομήματος ξεπερνούν κατά τόπους το ύψος των δώδεκα μέτρων. Σχεδόν ολόκληρος ο διάκοσμος του τεμένους δε σώζεται, ενώ η θολοσκέπαστη στέγη του και το μεγαλύτερο μέρος του μιναρέ έχουν καταρρεύσει. Στερεωτικές και αναστηλωτικές εργασίες πραγματοποιήθηκαν από την Αρχαιολογική Υπηρεσία στο παρελθόν και πιο συγκεκριμένα το 2000, που ως στόχο είχαν τη συντήρηση και αποκατάσταση του μνημείου στο μέτρο του δυνατού.
[1] Τίτλος αξιώματος στην οθωμανική διοίκηση.
[2] Ιερατικός βαθμός στη μουσουλμανική θρησκεία / ο ερμηνευτής του κορανίου.
[3] Η ημικυκλική ιερή κόγχη στα μουσουλμανικά τεμένη.