Στους αρχαίους χρόνους η πόλη της Μυτιλήνης είχε τη μορφή ενός μικρού νησιού, το οποίο διαχωριζόταν από την αντικρινή στεριά με τον Εύριπο, έναν στενό φυσικό πορθμό, μήκους 700 μ. και πλάτους 30 μ., που ένωνε τους δύο όρμους/λιμάνια της πόλης (το βόρειο και το νότιο), ενισχύοντας παράλληλα τη φυσική της οχύρωση («ἡ μὲν γὰρ ἀρχαία πόλις μικρὰ νῆσός ἐστιν, ἡ δ᾽ ὕστερον προσοικισθεῖσα τῆς ἀντιπέραν ἐστὶ Λέσβου: ἀνὰ μέσον δ᾽ αὐτῶν ἐστιν εὔριπος στενὸς καὶ ποιῶν τὴν πόλιν ὀχυράν», Διόδωρος ο Σικελιώτης, Βιβλιοθήκη Ιστορική XIII.79.6). Η διαμόρφωση του Ευρίπου ήταν τέτοια που επέτρεπε στις πολεμικές τριήρεις να τον διαπλέουν, ενώ λίθινες γέφυρες συνέδεαν το νησιωτικό και παράκτιο τμήμα της πόλης στα νευραλγικά της σημεία.
Ο βόρειος εμπορικός λιμένας της Μυτιλήνης βρίσκεται κάτω από τα τείχη του Γενοβέζικου φρουρίου στα βορειοδυτικά, ενώ ο νότιος πολεμικός λιμένας ταυτίζεται με το σημερινό λιμάνι της πόλης. Συχνές είναι οι αναφορές στις αρχαίες πηγές στα δύο λιμάνια της Μυτιλήνης, που περιγράφονται άλλοτε συνοπτικά κι άλλοτε διεξοδικότερα στο πλαίσιο των ιστορικών συμφραζομένων τους. Από τις αναφορές του Θουκυδίδη (Ιστορία Γ.1-6, 2.2) με αφορμή τον Πελοποννησιακό Πόλεμο (431-404 π.Χ.), του Αριστοτέλη (Ἀνέμων θέσεις καὶ προσηγορίαι 973, α.9-11, β.2), του Στράβωνα (Γεωγραφικά ΧΙΙΙ.2.2), του Διόδωρου του Σικελιώτη (Βιβλιοθήκη Ιστορική XIII.79.5-6), μαθαίνουμε ότι ο βόρειος εμπορικός λιμένας, αποτελούσε οργανικό τμήμα της πόλης («τον ἐν τῇ πόλει λιμένα») και ονομαζόταν ‘Μαλόεντας λιμένας’ («τὸν Μιτυληναίων λιμένα, μάλιστα δὲ τὸν Μαλόεντα»), από το προσωνύμιο ‘Μαλόεις’, με το οποίο λατρευόταν ο Απόλλωνας στο παρακείμενο ιερό του, κοντά στο λιμάνι και την αρχαία αγορά της πόλης. Ακόμη πληροφορούμαστε ότι ήταν μεγάλος και βαθύς, εν αντιθέσει με τον μικρότερο νότιο πολεμικό λιμένα, που περιγράφεται ως ‘κλειστός τριηρικός λιμένας’ και χρησίμευε ως πολεμικός ναύσταθμος με συγκεκριμένη χωρητικότητα για πενήντα τριήρεις («ἔχει δ᾽ ἡ Μιτυλήνη λιμένας δύο, ὧν ὁ νότιος κλειστὸς τριηρικὸς ναυσὶ πεντήκοντα, ὁ δὲ βόρειος μέγας καὶ βαθύς, χώματι σκεπαζόμενος: πρόκειται δ᾽ ἀμφοῖν νησίον μέρος τῆς πόλεως ἔχον αὐτόθι συνοικούμενον»). Από το νότιο λιμένα, ο οποίος είχε τη δυνατότητα να κλείνει με κλείθρο (μετάλλινη αλυσίδα), δε διατηρούνται στις μέρες μας ορατά οικοδομικά κατάλοιπα. Από τον βόρειο εμπορικό λιμένα, ο οποίος βρισκόταν απέναντι από την αγορά, μια αμιγώς εμπορική περιοχή της αρχαίας Μυτιλήνης, διατηρείται μεγάλο μέρος των λιμενοβραχιόνων. Στην εποχή των Γατελούζων το βόρειο λιμάνι ήταν γνωστό ως λιμάνι του ‘Αγίου Γεωργίου’, ενώ σήμερα ονομάζεται λιμάνι της ‘Επάνω Σκάλας’.
Η πρώτη οικοδομική φάση του βόρειου εμπορικού λιμανιού τοποθετείται χρονολογικά στους αρχαϊκούς χρόνους και πιθανόν ταυτίζεται με τον μικρότερης κλίμακας ημιβυθισμένο λιμενοβραχίονα, που διατηρείται στο νοτιοανατολικό τμήμα της λιμενολεκάνης. Ωστόσο, νεώτερες υποβρύχιες έρευνες που πραγματοποιήθηκαν στον χώρο μεταξύ 2007-2009, έδειξαν ότι η χρονολόγηση του εν λόγω λιμενοβραχίονα ενδεχομένως να είναι υστερότερη. Στην κλασική περίοδο το λιμάνι επεκτείνεται, όμως εξαιτίας του Πελοποννησιακού Πολέμου δεν ολοκληρώνεται. Η μνημειακή του διαμόρφωση τοποθετείται χρονολογικά στο β’ μισό του 4ου αι. π.Χ. Ο μεγάλος ανατολικός λιμενοβραχίονας έχει μήκος 350 μ. και 7,50 μ. πλάτος, ο μικρότερος δυτικός 75 μ. μήκος και 8,5 μ. πλάτος, ενώ το πλάτος της εισόδου μεταξύ τους υπολογίζεται ότι έφτανε τα 300 μ. Κατά μήκος των λιμενοβραχιόνων ανοίγονταν, ανά 38 μ., δέκα εγκάρσια ορθογωνιόσχημα ανοίγματα (επτά στον ανατολικό και τρία στον δυτικό λιμενοβραχίονα), πλάτους: 1,55-2,20 μ., απαραίτητα για την εκτόνωση των κυμάτων και τον καθαρισμό του λιμανιού. Τα ανοίγματα διέθεταν άλλοτε αψιδωτή κάλυψη και λίθινο δάπεδο για την αποφυγή της υποσκαφής του θεμελίου από τα υποθαλάσσια ρεύματα. Για την κατασκευή των λιμενοβραχιόνων εφαρμόστηκε το έμπλεκτον σύστημα δόμησης: χρησιμοποιήθηκαν μεγάλοι ορθογωνιόσχημοι λιθόπλινθοι εξωτερικά και μικροί ακανόνιστοι λίθοι εσωτερικά ως γέμισμα. Για την εξυγίανση του υποθαλάσσιου πυθμένα και τη θεμελίωση των μεγάλων λιθοπλίνθων των δόμων των λιμενοβραχιόνων χρησιμοποιήθηκε εκτεταμένη λιθορριπή έδρασης.
Τυπολογικά το βόρειο λιμάνι συγκαταλέγεται στην κατηγορία των κλειστών λιμένων: διέθετε πύργους στα ακρομόλια, ενώ φαίνεται ότι το βόρειο παράκτιο/επιθαλάσσιο αμυντικό τείχος της πόλης επεκτεινόταν και επάνω στους λιμενοβραχίονές του. Η εσωτερική πλευρά των τελευταίων ήταν διαμορφωμένη ως προκυμαία/αποβάθρα για την προσάραξη των πλοίων, την εξυπηρέτηση των επιβαινόντων, τη διακίνηση αγαθών και εμπορευμάτων. Στον δυτικό λιμενοβραχίονα διακρίνονται δύο τουλάχιστον οικοδομικές φάσεις που ανάγονται στους κλασικούς και ελληνιστικούς χρόνους. Μεταξύ των ετών 1999-2000, οι ανασκαφικές εργασίες στην παράκτια ζώνη του βόρειου λιμανιού έφεραν στο φως τη μνημειακή δυτική είσοδο του Ευρίπου, τμήμα της παρακείμενης προκυμαίας, καθώς και μέρος μιας εγκάρσιας προβλήτας, μήκους: 18,10 μ. και πλάτους: 5,70-6,10 μ., κατασκευασμένης με το ισόδομο σύστημα δόμησης. Στα ανατολικά της προκυμαίας, εντοπίστηκε τετράπλευρη κατασκευή με ημικυκλική απόληξη στη μια πλευρά της (μέγ. σωζ. ύψους: 2 μ. και διαμέτρου: 4 μ.), η οποία ταυτίζεται με το ακρομόλιο της άλλοτε μνημειακής δυτικής εισόδου του Ευρίπου. Τα κινητά ευρήματα που βρέθηκαν στον χώρο χρονολογούνται από την αρχαϊκή έως και την υστερορωμαϊκή περίοδο, ενώ στα ανατολικά του Ευρίπου αποκαλύφθηκε τμήμα του κλασικού τείχους, εργαστήρια κεραμικής και μεταλλοτεχνίας, και τα κατάλοιπα ενός ρωμαϊκού κτηρίου.
Με την πάροδο των χρόνων επήλθε σταδιακά η υποβάθμιση του βόρειου λιμένα, η οποία θα πρέπει να θεωρηθεί άμεσα συνυφασμένη με την επιχωμάτωση της λιμενολεκάνης του, μια διεργασία που είχε ωστόσο ξεκινήσει από την παλαιοχριστιανική περίοδο, παράλληλα με την επιχωμάτωση του Ευρίπου. Από τις αναφορές σε γραπτές πηγές του 14ου αι. και τις μετέπειτα απεικονίσεις του λιμανιού σε χαρακτικά του 18ου αι., πληροφορούμαστε ότι στην άκρη του μεγάλου ανατολικού λιμενοβραχίονα υπήρχε ο επονομαζόμενος ‘Πύργος του Λαράντα’, ο οποίος καταστράφηκε από τους Οθωμανούς το 1462 με την υποδούλωση του νησιού και αντικαταστάθηκε εν συνεχεία από έναν φάρο. Κατά την οθωμανική περίοδο, η ευρύτερη περιοχή της Επάνω Σκάλας χρησιμοποιήθηκε ως νεκροταφείο, όπως άλλωστε και πολύ προγενέστερα, κατά τους αρχαϊκούς χρόνους. Έπειτα από την απελευθέρωση της Λέσβου και τη Μικρασιατική καταστροφή, στην περιοχή της Επάνω Σκάλας ιδρύεται ο πρώτος προσφυγικός οικισμός και η ομώνυμη παρακείμενη αγορά του.
Ο αρχαιολογικός χώρος του βόρειου λιμένα Μυτιλήνης είναι διαρκώς ανοιχτός για το ευρύ κοινό κι έτσι ο επισκέπτης σήμερα μπορεί ελεύθερα να θαυμάσει τα αρχιτεκτονικά κατάλοιπα του μεγάλου αυτού δημόσιου τεχνικού έργου της αρχαιότητας.
